環境問題は、私たちの生活を快適に保つ上でますます重要な課題となってきています。本教団では、関連団体であるＥＭ研究所（静岡市）において、環境浄化資材であるＥＭ（有用微生物群・比嘉照夫琉球大学名誉教授が開発）の製造を行っています。ＥＭは自然農法による稲や野菜、果樹の栽培・畜産をはじめ、生ごみ堆肥化、河川・池・海・砂浜の浄化、学校のプール清掃などに幅広く使用されています。ＥＭを活用、あるいはＥＭ活動に対して助成している市町村は、約４７０に及びます（平成１８年１０月１日現在）。
毎年開催されている「自然農法・ＥＭ技術交流会」（写真の会場は国立京都国際会館）
河川浄化に有効なＥＭを散布する市民ボランティア
ＥＭによる環境学習を行っている小・中学校が全国に増えている